数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
　　此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
　　就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
　　就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。
　　虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

　　青木照（妻夫木聪 饰）在毕业旅行途中所搭乘的新干线遭遇了不明事故，抛锚在了漆黑的隧道之中。同样被困住的，还有青木的同级生濑户雅子（神田沙也加 饰）和高桥伸雄（山田孝之 饰）。三人在等待救援无果之后决定凭借自己的力量走出隧道，却在此过程中遭遇了一连串诡异又可怕的事件，最终，高桥疯了，意志力强大的青木和雅子抵达了隧道的终点。
　　本以为终于可以获救的两人震惊的发现，和隧道里的黑暗寂静相比，外部世界的疯狂和暴力才是真正的可怕所在。整个世界都沦陷了，天地之间一片荒芜的景象，活跃的是激进的自卫队和早已经变异扭曲的前人类。

　　在一个迥异鬼魅的社会，上百层的高楼大厦拔地而起，俨然构筑了一个全然封闭的城市乡镇。居住在138层的女子高中生藤崎（藤崎露琪诺 饰）此前很长时间没有去学校，这一天她乘坐交通工具“移动机筒”赶往学校，不同身份的乘客相继走入，带着各异的目的去往他们的楼层。谁知意外毫无征兆发生，移动机筒因爆炸事故突然停止运行。突如其来的状况，让所有人的命运发生转变。原本甘心受戮的死囚犯仿佛窥到一线生机，因此展开拼死搏杀。逼仄的轿厢内，人间地狱骤然降临。
　　在此过程中，藤崎好像发现自己拥有某种奇特的能力，而她的命运也变得愈加扑朔迷离……